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1. 微波杀菌与物料包装工序的的先后关系
需要微波杀菌的物料，分液态和固态两种。由于微波能透射物料内部，因此，无论物料是液态或固态都可以连同容器一起进入微波加热杀菌区域得到杀菌处理。当然，前提是物料的容器不能是金属质地的。
液体杀菌一般微波杀菌方法以物料包装与否，分为包装前和包装后杀菌两种。先灌装后杀菌方式，技术改造投资少。但先灌装后杀菌处理时，液料与容器同时受热，不可避免的会增加能耗，并且对封闭后的容器耐压强度提出要求。但如采用先杀菌后灌装方式，虽然节约能耗，但需有与之配套的无菌灌装技术和设备，以及容器独立清洗和杀菌等设备。
固体杀菌一般以软包装材料包装后杀菌为宜。因为同时杀菌，可有效避免细菌的再次污染。在常规加热杀菌操作中，真空包装杀菌可分为三种：真空状态下的加热杀菌；完全熟煮制品真空包装后加热杀菌；熟煮制品趁热真空包装。他们都可达到延长制品的货架期，其货价器的长短取决于熟煮制品的热处理程度、PH值、水分活度、盐度以及添加剂的数量而定。为此，加工业者往往多加防腐剂以求延长货架期。
2. 工业微波设备用于杀菌装置结构
一般分为隧道式和炉式以及管道式
固体杀菌选用炉式设备，在需要流水线形式提高产量及实现制品的连续性时考虑选择隧道式；液体杀菌选用管道式，将液体送入反应腔体辐射实现的。